
Theodor war ein Grieche aus Jerusalem, der Sohn eines Bischofs, der ebenfalls Theodor hieß. Seine Wahl wurde vom Exarchen in Ravenna rasch bestätigt, und er wurde im November 642 geweiht.
Sein ganzes Pontifikat verbrachte er im Widerstand gegen den Monotheletismus, die Lehre, dass Christus nur einen Willen habe: Er weigerte sich, Paulus als Patriarchen von Konstantinopel anzuerkennen, nahm den früheren Patriarchen Pyrrhus auf und exkommunizierte ihn dann, und exkommunizierte schließlich Paulus. Die Bischöfe von Zypern, Palästina und Afrika stellten sich hinter ihn. Er war gut zu den Armen Roms und wurde am 14. Mai 649 in St. Peter beigesetzt.