
Pelagio era un romano di famiglia nobile che servì come rappresentante papale a Costantinopoli. Mentre Vigilio era assente, governò la Chiesa a Roma, spendendo il proprio patrimonio per la città affamata durante l'assedio gotico e persuadendo il re goto Totila a risparmiarne la popolazione. Fu consacrato nell'aprile 556, quasi un anno dopo la morte di Vigilio.
Accettò il Secondo Concilio di Costantinopoli e si adoperò per rassicurare i vescovi dell'Italia settentrionale e della Gallia che esso non indeboliva Calcedonia, sebbene uno scisma persistesse nell'Italia settentrionale. Riorganizzò i patrimoni della Chiesa, devastati dalla guerra gotica, restaurò chiese e raccolse aiuti per i poveri, e fu ricordato come padre dei poveri. Fu sepolto in San Pietro.