
Pelagius war ein Römer aus adliger Familie, der als päpstlicher Vertreter in Konstantinopel diente. Während der Abwesenheit des Vigilius leitete er die Kirche in Rom, wendete während der Belagerung durch die Goten sein eigenes Vermögen für die hungernde Stadt auf und bewog den Gotenkönig Totila, deren Bevölkerung zu verschonen. Er wurde im April 556 geweiht, fast ein Jahr nach dem Tod des Vigilius.
Er nahm das Zweite Konzil von Konstantinopel an und bemühte sich, den Bischöfen Norditaliens und Galliens zu versichern, dass es Chalcedon nicht untergrabe, doch in Norditalien hielt ein Schisma an. Er ordnete die durch den Gotenkrieg verwüsteten Güter der Kirche neu, ließ Kirchen instand setzen und sammelte Hilfe für die Armen, und man erinnerte sich an ihn als einen Vater der Armen. Er wurde in St. Peter beigesetzt.