
Agathon était sicilien et l'on croit généralement qu'il fut moine à Palerme ; la tradition dit qu'il était très âgé, peut-être même plus que centenaire, lorsqu'il devint pape en 678. Il était connu pour son affabilité et sa charité.
Il rétablit saint Wilfrid sur le siège d'York après avoir entendu son appel lors d'un synode du Latran. Ses légats présidèrent le troisième concile de Constantinople (680-81), qui mit pratiquement fin à la controverse monothélite, bien qu'il mourût avant que ses décrets ne parviennent à Rome ; il fut inhumé le 10 janvier 681. Il fut appelé le Thaumaturge pour les miracles qui lui sont attribués et il est honoré en Orient comme en Occident.
Il est honoré par l’Église comme Saint. Lire sa page dans le dictionnaire des saints.