
Agatón era siciliano y se cree generalmente que fue monje en Palermo; la tradición dice que era muy anciano, incluso de más de cien años, cuando llegó a ser papa en 678. Era conocido por su afabilidad y su caridad.
Restituyó a San Wilfrido en la sede de York tras escuchar su apelación en un sínodo de Letrán. Sus legados presidieron el Tercer Concilio de Constantinopla (680-81), que puso fin de hecho a la controversia monotelita, aunque él murió antes de que sus decretos llegaran a Roma; fue sepultado el 10 de enero de 681. Fue llamado el Taumaturgo por los milagros que se le atribuyen y es venerado tanto en Oriente como en Occidente.
La Iglesia lo honra como Santo. Leer su página en el diccionario de los santos.